ظل المخزن المغربي وفيا، وراعيا لمغاربته اليهود، ويتضح ذلك من خلال الوثائق الرسمية، ووثائق العائلات اليهودية وبخاصة المراسلات الإخوانية منها. وتعتبر الوثائق الرسمية التي تحتفظ بها مديرية الوثائق الملكية دليلا دامغا على الروابط القوية، والمتينة بين المخزن ويهوديه؛ فبعضها يتضمن صراحة أمر سلاطين الدولة بالاحسان إليهم داخل المغرب وخارجه. فبالإضافة إلى السماح لهم بممارسة طقوسهم وشعائرهم الدينية، وأنشطتهم الاقتصادية، ووهب وعاءات عقارية لهم لانشاء ملاحاتهم أو بيعهم فإن العلاقة ظلت قوية على مر العصور، وتعتبر الدولة العلوية نموذج الراعي الأول لفئة اليهود مقارنة بوضعيتهم خلال فترات حكم السعديين و المرينين والموحدين حيث كانوا مميزين عن جيرانهم باعتبار الهندام أساس للتميز

حكم السلطان سيدي محمد بن عبد الرحمان خلال فترة عصيبة، فبعد أن كان أبوه على فراش الموت حدث شنآن بين قبائل الأنجرة والاسبان حول مسألة ترسيم الحدود، والجدير بالذكر أن إسبانيا كانت تترصد الفرصة لإعلان حربها الأفريقانية المدعمة من الحكومة الاسبانية ورجال الدين، وقد انهزم المغرب شر هزيمة في حرب تطوان (1859/1860) وفرضت اسبانيا شروطها القاسية مقابل خروجها من تطوان؛ وأخطرها تغريم المغرب 25 مليون ريال مغربي وهو ما أدى إلى إفلاس الدولة وإعلان المغرب إصلاحا ضريبيا فقر البلاد والعباد وقوبل بالرفض من طرف العامة والخاصة سيما أن ذلك تزامن مع فترات الجفاف. كما اضطر المخزن إلى بيع حق جباية الضرائب (المكوس) للقواد والبشاوات الذين عاثوا فسادا بالبلاد وأهلكوا العباد. فهل تأثر يهود المغرب بهذه الأحداث المدوية والتي قال عنها الناصري “وحرب تطوان هاته هي التي أزالت حجاب الهيبة عن المغرب واستطال بها النصارى بشكل لم يعهد له من قبل”.
تورط بعض التجار اليهود في تجارة التهريب (كنتربنض):
انتشرت تجارة التهريب خلال فترة حكم هذا السلطان بشكل رهيب وتعاطى اليهود المغاربة لهذا النوع من التجارة (كنتربنض) بشكل سري، غير أن المخزن فرض شروطا قاسية لمن تبث تورطه في هذا الفعل الشنيع سواء كان يهوديا أو مسلما. وتوضح مراسلة تحمل رقم 3333 مؤرخة في 19 محرم 1279/17 يوليوز 1862 كيف أن السلطان وبخ اليهودي ليبي ونهاه عن التعاطي لتجارة التهريب.

اعتماد مقومين أكفاء لتقويم تركة اليهود والحفاظ على ممتلكاتهم:

راسل الأمينان عبد السلام جسوس، وعبد الرحمن بن الحسن السلطان سيدي محمد بن عبد الرحمن بتنفيذ أمره الشريف لإحضار أهل المعرفة قصد تقويم ما صيره التاجر اليهودي “أبرهام قرقوز” وأخوه؛ وهذه الوثيقة تحمل رقم 3334 مؤرخة في 1 شعبان 1279 – 22 يناير 1863، وتتضمن تنفيد أوامر السلطان باعتماد أهل المعرفة ليقوموا ما صيره التاجر أبرهام قرقوز وأخوه يعقوب على إصلاح الدار التي أنعم عليهم بها السلطان؛ حيث طلب بإسقاط ما قوم به الإصلاح مما بذمتهما من الدين القديم، وهو ما طبقاه الأمينين بالحرف، حيث أسقطا خمسة آلاف مثقال، ومائتي مثقال، وتسعين مثقال وخمس أواقي؛ وهو المبلغ الذي صيره الذميان. يتضح من خلال هذه المراسلة أن السلطان أعتمد مقومين من أهل المعرفة حفاظا على أرباح كل من الذميين والمخزن مما يعني أن اليهود المغاربة كانوا يمارسون تجارتهم في أمن وأمان تحث رعاية السلطان وممثليه من الأمناء.
تجديد السلطان سيدي محمد بن عبد الرحمان ظهير التوقير والاحترام ليهوديه بلغة صارمة وتوعده بالعقاب للمخالفين من ممثليه المخزنيين:
في سنة 1864 جدد السلطان محمد بن عبد الرحمان ظهير التوقير والاحترام لكافة يهود المغرب بمن فيهم يهود الصويرة، وعممه على سائر عماله وبشواته وقواده، وهذه الوثيقة تحمل رقم 3336 مؤرخة في 26 شعبان 1280 – 5 فبراير 1864 ويقضي الظهير بضرورة معاملة اليهود في سائر ربوع المغرب بالحق والإنصاف والتسوية بينهم وبين جيرانهم المسلمين في الأحكام دون أن يلحقهم ظلم ولا مكروه. ومما جاء في نص الظهير: “ … نأمر من يقف على كتابنا هذا أسماه الله وأعز أمره …. من سائر خدامنا وعمالنا والقائمين بوظائف أعمالنا . أن يعاملوا اليهود الذين بسائر إيالاتنا بما أوجبه الله تعالى من نصب ميزان الحق والتسوية بينهم وبين غيرهم في الأحكام، حتى لا يلحق أحدا منهم مثقال ذرة من الظلم، ولا يضام ولا ينالهم مكروه ولا اهتضام . وأن لا يتعدوا هم ولا غيرهم على أحد منهم لا في أنفسهم ولا في أموالهم، وأن لا يستعملوا أهل الحرف منهم إلا عن طيب أنفسهم. وعلى شرط تفويتهم بما يستحقونه على عملهم، لأن الظلم ظلمات يوم القيامة. ونحن لا نوافق عليه لا في حقهم ولا في حق غيرهم ولا نرضاه لأن الناس كلهم عندنا في الحق سواء. ومن ظلم أحدا منهم أو تعدى عليه، فإننا نعاقبه بحول الله. وهذا الأمر الذي قررناه و أوضحناه وبيناه كان مقررا ومعروفا محررا. لكن زدنا هذا المستور قريرا وتأكيدا ووعيدا في حق من يريد ظلمهم, وتشديدا ليزيد اليهود أمنا إلى أمنهم. ومن يريد التعدي عليهم خوفا على خوفهم. صدر به أمرنا المعتز بالله في السادس والعشرين من شعبان المبارك عام ثمانين ومائتين وألف”.